День озера Байкал учрежден в 1999 году и с тех пор ежегодно отмечался в Иркутской области в четвертое воскресенье августа. В 1996 году озеро Байкал было включено в список объектов Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. С течением времени праздник получил общероссийское и общемировое признание. В 2008 году постановлением Законодательного собрания Иркутской области "О проведении Дня Байкала на территории Иркутской области" празднование было перенесено на второе воскресенье сентября.

Постановлением Законодательного собрания Иркутской области от 18 февраля 2015 года празднование Дня Байкала было перенесено на первое воскресенье сентября. В 2018 году День Байкала празднуется 2 сентября.

По всей стране проходят мероприятия по привлечению общественности к проблемам Байкала, призывая к сотрудничеству и партнерству для сохранения древнего озера. В День озера Байкал проходят фестивали, флешмобы, квесты, спортивные и развлекательные мероприятия, позволяющие узнать новое из истории озера.
Координаторы праздника устраивают выставки фоторабот, посвящённых флоре и фауне области. Научные сообщества, изучающие экосистему Байкала, организуют выставки и лекции. На берегах Байкала волонтёры проводят субботники. В школах Байкальского региона проводят уроки географии, рассказывающие о знаменитом озере. Доброй традицией стала организация выездных пленэров на побережье озера. Какие бы мероприятия ни проводились, цель их одна — привлечь внимание к вопросам загрязнения древнейшего озера Байкал.